Τα κατάλοιπα της Ιεράς Μονής των Αγίων Φανέντων στο εσωτερικό της αρχαίας οχύρωσης.
Στο λόφο Κυάτις της ακρόπολης της κλασικής πόλης της Σάμης και εντός των τειχών της τελευταίας ανεγέρθηκε η μονή των Αγίων Φανέντων, στον αμυντικό πύργο της οποίας ενσωματώθηκε πύργος της αρχαίας οχύρωσης. Το όνομα της μονής, από το οποίο μετονομάστηκε και ο λόφος Άγιοι Φανέντες, φαίνεται ότι προέρχεται από παραφθορά του Άγιοι Νεοφανείς, τους αγίους της Σάμης Θεόδωρο, Γρηγόριο και Λέοντα. Σύμφωνα με την παράδοση, τα λείψανα των αγίων βρέθηκαν σε σπήλαιο της περιοχής και χάθηκαν σε ναυάγιο στη θαλάσσια περιοχή του Φισκάρδου κατά τη μεταφορά τους στη Δύση. Κατά μία άλλη εκδοχή η επωνυμία σχετίζεται με το γνωστικό φιλόσοφο Επιφάνη του 2ου αι. μ.Χ., ο οποίος σύμφωνα με τον Κλήμη τον Αλεξανδρέα τιμόταν ως θεός στη Σάμη. Η μονή ανεγέρθηκε πριν το 1264, οπότε αναφέρεται για πρώτη φορά στο Πρακτικό της Λατινικής Επισκοπής Κεφαλληνίας, και αφού γνώρισε μεγάλη ακμή κατά το 17ο αι., ως σημαντικό πνευματικό κέντρο με ιερατική σχολή, καταργήθηκε το 1805.
Παρόλο που τα κατάλοιπα του συγκροτήματος ανάγονται στη μεταβυζαντινή περίοδο, οπότε και ανακαινίστηκε το καθολικό του το 1633, εντοιχισμένα αρχιτεκτονικά μέλη στο καθολικό μαρτυρούν την ύπαρξη ναού των μεσοβυζαντινών χρόνων. Το συγκρότημα ακολουθεί την τυπική βυζαντινή διάταξη με τα κελλιά παραταγμένα σε τετράπλευρο περίβολο και το καθολικό, ελεύθερο στο εσωτερικό του. Η εκ νέου χρήση του πύργου της αρχαίας οχύρωσης και η αμυντική μορφή των τοίχων της μονής προσδίδουν φρουριακό χαρακτήρα στο σύνολο και απηχούν ανάγκη προστασίας της μονής από πειρατικές επιθέσεις, που μάστιζαν το νησί κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας και της Ενετοκρατίας.
Μετόχι της μονής αποτελούσε ο κοιμητηριακός ναός του Αγίου Νικολάου, σύγχρονος του καθολικού και λίγα μέτρα νότια αυτού. Ο ναός στη μορφή της μονόχωρης επτανησιακής βασιλικής, είναι σήμερα ερειπωμένος. Στο κατώτερο τμήμα των τοίχων του διακρίνονται λιθόπλινθοι των αρχαίων τειχών, ενώ μετά τους σεισμούς του 1953 τμήμα του ξύλινου τέμπλου του ενσωματώθηκε σε εκείνο της μονής Αγριλίων. Οι τοιχογραφίες του κατάγραφου ναού, που χρονολογούνται στα μέσα του 17ου αι., απηχούν συντηρητικά πρότυπα και παρουσιάζουν ιδιαιτερότητες, που καθιστούν το μνημείο ιδιαίτερης σημασίας.