Τα τέσσερα νεκροταφεία της Σάμης (το βόρειο, το νότιο, το ανατολικό και το δυτικό) αναπτύχθηκαν έξω από τα όριά της. Ένα τμήμα μόνο του ανατολικού νεκροταφείου εντάχθηκε εντός της πόλης με την ανέγερση των τειχών της οχύρωσης. Το νότιο, το βόρειο και το δυτικό άρχισαν να οργανώνονται από τους αρχαϊκούς χρόνους, ωστόσο, στο πρώτο ερευνήθηκαν και τάφοι της γεωμετρικής περιόδου.
Σύμφωνα με τα μέχρι τώρα ανασκαφικά δεδομένα το νότιο νεκροταφείο παρουσιάζεται ως το πιο εκτεταμένο και με τη μεγαλύτερη διάρκεια χρήσης. Είναι εκείνο, από το οποίο, λόγω και των περισσότερων ερευνών στην περιοχή που εκτείνεται, προκύπτουν τα περισσότερα συμπεράσματα για τις ταφικές πρακτικές των Σαμαίων. Είχε μνημειακή μορφή, με ταφικούς περιβόλους και υπάρχουν ενδείξεις για την ανέγερση αγαλμάτων και μνημείων, κατά μήκος οδού, που οδηγούσε στο εσωτερικό της πόλης από τα νότια. Στο νεκροταφείο εντάσσονται ο ορατός σήμερα ταφικός περίβολος των 1ου αι. π.Χ. – 1ου αι. μ.Χ. στο ακίνητο ιδιοκτησίας ΟΤΕ, επί της οδού Ιωάννου Μεταξά και ο υστερορωμαϊκός καμαροσκέπαστος θάλαμος – μαυσωλείο στη συμβολή των οδών Ιωάννου Μεταξά 13 και Ανωνύμου.
Τέλος, στο βόρειο νεκροταφείο συχνή είναι η λάξευση του βραχώδους εδάφους της περιοχής για τη διαμόρφωση τάφων.
Ως προς τους τύπους των τάφων: Κατά τους αρχαϊκούς χρόνους φαίνεται ότι προτιμάται η πρακτική του εγχυτρισμού ή της εναπόθεσης των καταλοίπων πυράς στο εσωτερικό αγγείων. Στην κλασική, ελληνιστική και ρωμαϊκή περίοδο απαντώνται λιθόκτιστα μνημεία, κιβωτιόσχημοι τάφοι από λίθινες πλάκες, λαξευτοί στο φυσικό βράχο, κεραμοσκεπείς (από πήλινες κεράμους), εγχυτρισμοί μικρών παιδιών και βρεφών (εντός αγγείου) και απλοί λάκκοι. Συχνά οι τάφοι εντάσσονταν σε περιβόλους. Επιπλέον, κατά τη ρωμαϊκή περίοδο είναι συχνή και η κατασκευή κτιστών κιβωτιόσχημων τάφων, ενώ απαντώνται και καμαροσκεπείς τάφοι / μαυσωλεία.